Анализът на основните дейности за опазване на ценността дава основание за следната позитивна оценка:
- Извършена е значителна дейност по идентификация и документиране на наследството в „Старинен град Несебър”. Осъществени са: анализ на процесите в ценността (Директивен план-концепция, 1986); предварителна оценка и регистрация на културни ценности; научни изследвания и наблюдения; фотограметрично документиране; съставяне на единна база-данни за наличната документация и др.
- Проведени са системни и спасителни археологически проучвания; разкрити са нови археологически обекти (особено при проучването на северния бряг на полуострова и мащабните проучвания върху Некропола на Месамбрия-Месемврия-Несебър на материка през 2007); извършвани са, макар и инцидентно, подводни археологически проучвания (до 1990);
- До 1990 е ритмично и методически коректно провеждана консервационно-реставрационна дейност по археологически ценности (крепостната стена, западната порта и др.), по църкви (консервация, частична и цялостна реставрация) и по редица обекти на народната архитектура. След 1990 проектантската и изпълнителската дейност се фокусират върху някои от най-стойностните църкви – реставрирани са стенописите в църквата „Св. Стефан” (1993); изработени са възложените от Общината проекти за консервация, реставрация, експониране и социализация на три значими църкви, които представляват пилотен приложен продукт № 3 и приложен продукт № 4 на ПОУ.
- Осъществява се популяризиране на ценността: сред местното население (по общински инициативи, като „Аз живея в Несебър”), сред туристите и гостите на града от страната и от чужбина; сред научната общественост;
Проведеният мониторинг дава основания и за следната негативна оценка на дейностите по опазване:
- Съществуват значителни непълноти в актуалната информация за културните ценности; архивният фонд не е систематизиран и дигитализиран;
- Поради липса на финансиране, системните археологически проучвания след 1990 са практически прекратени и заменени с фрагментарни спасителни разкопки; археологическите проучвания не са координирани и осигурени с консервационна дейност. Поради липса на базови подводни археологически проучвания, не е възможно да се очертаят точните граници на защитената акватория, да се програмират бъдещите проучвания и да се определят режимите за опазване на археологията под вода;
- След 1990 дейностите по консервация, реставрация, адаптация, експониране и поддържане на всички видове единични ценности са значително редуцирани, което обяснява посочените проблеми в тяхното състояние. Многобройните самодейни намеси на собственици, при липса на компетентни специалисти-консерватори на място, са довели до увреждане на автентичността на обекти на народната архитектура;
- Липсва системна и използваща съвременни форми на комуникация дейност за популяризиране на извънредната универсална стойност на ценността в широк национален, европейски и световен мащаб. Диалогът на публичните власти с населението по проблемите на ценността е ограничен; предписанията за нейното опазване са до голяма степен неразбираеми за широкия кръг от собственици и стопани.