В основанията за вписване на ценността се изтъква значимостта на три групи единични ценности:
1.Археологически ценности
Археологическите следи от „многобройни цивилизации” (КСН) са посочени като много важен фактор за извънредната универсална стойност на ценността. ПОУ обръща внимание върху хронологията на последователното натрупване на ценните археологически пластове.
Най-ранните открити засега следи се отнасят към VІІІ – VІІ век пр. Хр.1(втора фаза на ранно-желязната епоха). Следват пластове от периода на гръцката колония Месамбрия (фрагменти от отбранителна система, руини от храма на Зевс Хипердексиос, останки от жилищни и складови помещения, сведения за Агора и Акропол и др.); от римския период и от периода на късната античност (новата укрепителна система с главната порта, императорските терми и уникалната водоснабдителна система и др.). С утвърждаването на Християнството през късната античност и ранното средновековие храмовото строителство в Месемврия получава силен тласък. По-късно, в периода ІХ-ХІV в. продължава да се развива както забележителното църковно строителство, така и преустройството и надграждането на укрепителната система. Особена стойност има разкритият (след вписването на ценността) Некропол на Месемврия-Месамбрия-Несебър, който е разположен на материка и включва ценности от елинистичната епоха до Средновековието. Значителна част от ранните археологически пластове днес се намират на морското дъно в една богата и недостатъчно изследвана акватория.
2.Ценности на религиозната архитектура
Друг важен белег на извънредната универсална стойност на Старинния град Несебър е хилядолетната му изява като „забележително духовно огнище на християнската култура”. Заради стратегическото си местоположение градът играе ключова роля в постоянния интеркултурен обмен и оказва влияние върху религиозната архитектура не само по българските земи, а и във „византийския културен кръг”. Именно тук достига своя апогей „живописният архитектурен стил” – синтез между архитектурна форма и колоритна декоративна украса. Несебърските църкви, достигнали до нас – базиликите Старата Митрополия „Св. София”, „Св. Богородица Елеуса”, северозападната и трикорабната; уникалните средновековни църкви „Св. Йоан Кръстител”, „Св. Стефан”, „Св. Димитър”, „Св. Климент”, „Св. Богородица Влахернска”, „Св. Тодор”, „Св. Архангели Михаил и Гавраил”, „Св. Параскева”, „Христос Пантократор”, „Св. Йоан Алитургетос”, възрожденските „Св. Спас” и „Успение Богородично” – са плод на почти петнадесетвековно строителство и разкриват самобитното развитие на православната християнска архитектура и култура.
3.Образци на народната архитектура
За извънредната универсална стойност на ценността допринася и „запазената възрожденска структура” с различни типологични разновидности, отразяващи „етапите в развитието на архитектурния стил на Балканите и в целия Източно-средиземноморски регион” (КСН). Характерните образци на Несебърската къща се проявяват при свободно застрояване (с правоъгълна или „Г”-образна планова схема) и при сключено застрояване (със заден двор и проход, с дюкяни и работилници в приземието).
1 Данните са от последните проучвания на полуострова, извършени от доц. д-р Анелия Божкова и Петя Кияшкина. Според екипа, осъществил археологически проучвания в Несебър през 60-те и 70-те години на ХХ в., най-ранните останки от човешко присъствие на полуострова датират от късната бронзова епоха – края на ІІ-то и началото на І-то хилядолетие пр. Хр. (открити северно от църквата „Св. Йоан Алитургетос” и на северния бряг).